A região foi primitivamente habitada pelos índios cariris, aldeados na fazenda Arco Verde, uma das principais ainda hoje existente, no atual município. Devido a localização da tribo, eram os indígenas denominados ″índios do arco verde″.
Presume-se que o desaparecimento dos silvícolas tenha ocorrido por volta de 1820. Os primórdios de São Miguel das Matas datam do século XVIII, quando chegou ao local um senhor de nome Joaquim Tirana, adquirindo uma grande área de mata virgem. Posteriormente, o capitão Manoel dos Santos Ribeiro estabeleceu-se em frente a essa propriedade com um engenho de açúcar e rapadura, desenvolvendo aí a plantação de cana.
Surgiram outros moradores e logo foi construído um pequeno cemitério. O mesmo ocorreu com a capela, que foi inaugurada em 1802, tendo o arcanjo São Miguel como padroeiro.
Aumentou-se o número de edificações, contando-se, a partir daí, com os primeiros estabelecimentos comerciais. Estava definitivamente formada a povoação que, inicialmente, chamou-se São Miguel da Aldeia, pela sua proximidade da aldeia dos ″índios do arco verde″.
Desenvolveram-se também as culturas de mandioca, fumo e café, esta, introduzida e orientada, do plantio à colheita, pelo capelão de nome frei Félix, e que se tornou uma das principais riquezas da região.
Depois de ter alterada a denominação para Vila São Miguel, em 1891, passou a denominar-se São Miguel das Matas, em 1948, topônimo justificado por situar-se em região de matas. Os nativos de São Miguel das Matas são chamados miguelenses.
O município de São Miguel das Matas está localizado no Vale do Jiquiriçá da Bahia, limitando-se com os municípios de Laje (ao Sul), Amargosa e Elísio Medrado (ao Norte), Varzedo (ao leste) e Santo Antônio de Jesus (ao oeste), tendo população estimada em 2005 de 10.464 habitantes e uma densidade demográfica de 50,55 hab/km², segundo projeção do IBGE.
A sede municipal está a uma altitude média de 293m ao nível do mar, possui as coordenadas geográficas de 13° 03' de latitude sul e 29° 28' de longitude oeste, com área de 207,45 km². A sede do município fica a uma distância de 224 km da capital (Salvador), cujo acesso se faz por pelas vias BR 116 e 324, pela BA 045 via Santo Antônio de Jesus - ferry-boat - Bom Despacho.
O município de São Miguel das Matas está localizado na Microrregião Homogênea de Jequié, na Região de Planejamento do Paraguaçu, e faz parte da Região Administrativa de Amargosa, bem como da Região Econômica do Recôncavo Sul. Possui relevo formado por tabuleiros pré-litorâneos e o tipo climático é de úmido a subúmido, com temperatura média de 23,4°C, que varia entre 28,6°C e 19,6°C. O período chuvoso é entre abril e junho tendo uma pluviosidade anual mínima de 360 mm, média de 989 mm e máxima de 1.579 mm com tem risco de seca média.